绿色清洁无污染好像已经成了生物质燃料的标配，但是这种环保是无形之中的，不像一片树林，一条清流那样明显，因此许多人并不了解。
生物质燃料的环保是体现在多个方面的。比如做常规燃料的替代品。NASA研究发现，与完全使用常规燃料相比，混合使用常规燃料和生物质燃料可以使飞机发动机的颗粒污染物排放量减少50%-70%。而在燃烧方面，虽然生物质燃料的热值比起传统煤炭来稍逊一筹，但燃烧生物质燃料基本上不产生氮氧化物和二氧化硫，清洁性能杠杠的。
另外一个重要方面就是发电了。我国生物质发电装机容量已经跃为世界第二位，2016年我国生物质年发电量为634亿千瓦时，即用了不到十年时间，就接近了三峡水电站的发电水平。生物质发电是完全可以部分替代火力发电的。